De Sint-Margarethakerk is de parochiekerk van Grembergen. Ze staat aan de Dokter Haekstraat.
Oorspronkelijk viel de parochie van Grembergen onder die van Zele. Deze was door Karel de Grote, tussen 802 en 805, geschonken aan de Abdij van Werden. Rond 1100 kreeg Grembergen een eerste kerk, gebouwd in de wijk Zand, nabij Dendermonde. Aanvankelijk was dit een filiaalkerk van Zele, maar later werd Grembergen een zelfstandige parochie.
Tijdens de godsdiensttwisten aan het einde van de 16e eeuw werd de kerk verwoest. In 1599 werd het herstelde gebouw opnieuw ingezegend. De locatie bleek echter ongunstig voor de verdediging van Dendermonde. Pas in 1706, tijdens de Spaanse Successieoorlog, werd dit duidelijk toen de stad werd beschoten door de troepen van Marlborough.
In 1710 volgde de sloop van de oude kerk. Een nieuwe kerk, deels opgetrokken met materialen van het oorspronkelijke gebouw, verrees verder noordwaarts. Het was een eenbeukige kerk met twee zijkapellen, gewijd aan Sint-Margaretha en Sint-Eligius.
In 1846 werden de zijkapellen afgebroken en vervangen door zijbeuken, en ook de voorgevel werd vernieuwd. In 1873 werd de toren verhoogd.